就在托尼以为进攻成功挡住时，托尼却接到尼克·弗瑞的紧急通知，美国政府勒令神盾局向纽约发射核弹后。
他一边咒骂着美国政府和神盾局，一边迅速追上了核弹，用尽全力将其送到了时空传送门后的齐塔瑞巨舰，游所有的齐塔瑞入侵者全部被消灭。
而自己则在星门关闭前掉入地球，被浩克救了下来幸存。
纽约大战后，托尼被双层焦虑症所困扰，疯狂投入钢铁侠战衣升级版的研发以及机甲无人AI控制军团，为此废寝忘食，甚至忽略了女友佩珀·波茨的感受。
在连续三次恐怖袭击的意外事件之后，批尼与和他有类似经历的小男孩哈利·基纳相遇，托尼成功复仇恐怖份子后，哈利帮助他走出了焦虑症的阴影。
后来，托尼和哈利一道探寻曼达林事件背后的真相并与自己的朋友及爱人并肩战胜了恐怖份子后面幕后黑手，又通过手术取出了体内残留的弹片和反应炉，将其丢向海中，决心不再为钢铁侠战衣所困。
后来托尼送给哈利一套完整的人工智能装备，并把事情经过告诉了班纳。
正当托尼以为这一切就此结束时华盛顿攻击事件的爆发，让托尼再次穿上了战衣，和其他复仇者继续行动。
在九头蛇兵团总指挥斯特克尔的基地里，托尼被绯红女巫的能力影响，看到了复仇者联盟全灭的景象，于是心里产生了制造拥有更强防卫力量的机械，保护地球的想法。
托尼把自己的想法告诉并说服了班纳，两人便利用洛基权杖，一起造出一个人工智能机器“奥创”。
谁知奥创认为想要和平，就必须消灭人类和复仇者联盟，奥创纪元危机爆发。
托尼和复仇者们再次集结，对抗奥创，在战斗中，托尼还分神，控制自己的机甲无人AI控制军团对抗奥创军团，并最终取得了胜利，阻止住了奥创毁灭地球人类的阴谋。
但是，由于复仇者联盟的几次行动给各个国家带来巨大的损失，受迫于各国压力的联合国，出台了索科维亚协议。
在索科维亚协议中，规定了复仇者联盟必须接受联合国的管理和监控。
担心自已人身权利的复仇者联盟内部，因为是否签协议起了争执，托尼虽因为研发奥创间接引发了索科维亚大战，产生愧疚。
但奥创军团的失败以及自已的机甲无人AI控制军团成功，还有过去在身上所发生的种种一切，让托尼意识到，他们不能接受签署协议。
于是托尼决定站在反对签署协议的一边，而随着时间问题，让托尼他与支持签协议的美国队长之间分歧越来越大，最终因为赫尔穆特·泽莫炸毁联合国会议室的问题，而引发了复仇者联盟的内战。
莱比锡机场大战之后，凭借着机甲无人AI控制军团，而胜利的托尼，虽得知冬日战士受到了诬陷，美国队长的目的应该是正确的，但不愿就此认输的托尼，在心底里过意不去。
托尼便来看望战斗失败，而被他关押的支持签署协议的英雄们，之后从猎鹰山姆处知晓了美国队长和冬日战士的位置，他匆忙拿上雷霆之剑，想赶到西伯利亚，和美国队长、冬日战士一起探寻九头蛇组织的旧基地，挫败赫尔穆特·泽莫的阴谋。
但是也正如此，托尼还是和美国队长、冬日战士中了泽莫的计策。
在对话中，托尼得知当年杀害他父母的人就是冬日战士的真相，因为仇恨而陷入了疯狂，独自一人和美国队长及冬日战士展开大战。
最后手持雷霆之剑的托尼，虽被美国队长盾牌打中了方舟反应炉而失败，但是美国队长的盾牌，冬日战士的金属手臂，以及冬日战士的性命，也被打入重伤，需要休眠疗养。