不过队长不认为真的平静到来了，它组建起了新的技术团队，制造出了更多的东西，并且成功地预测到了……
让它们内战失败的脑灵，决定直接侵略它们。
于是，后面的战争就展开了。而在战争之前，队长就开始了避难所的建造计划，这个计划，最初被认为是不可能实现的。或者被认为没有任何用处，甚至脑灵侵略也一度被认为是荒谬之事。
但是，队长十分地坚持，为了实行这个计划，进行了许多方面的努力。
最后，它们总算说服了大部分的阿特兰。开始建造地下避难所计划。
曾经被封锁已久的地下，又再度打开了，阿特兰在世界各地的地下建造起了避难所，避难所有着统一的编号，并且能容纳数千阿特兰在里面居住。
但是阿特兰的数量太多，避难所的数量不够，这就意味着，有相当多的阿特兰无法进去。
它们，只能在在脑灵的轰鸣之下，阿特兰的城市灰飞烟灭……但也有许多的阿特兰们隐藏到了地下，它们依赖着避难所立的生活用品活了下去。
这也包括当初的队长，它继续指挥着，联络着各个避难所，维持着整体的生活。
这些避难所都被预定为数十年之后便开放，让里面的居民离开。
但是，这个过程被延迟了。
那是因为队长……还有它的技术团队，它们控制着几乎所有避难所，它们延迟了避难所的开放，等待避难所开放要等数百年之后。
阿特兰，只能一直待在地下。
许多阿特兰产生了抱怨，长久没有收到任何有关战争的消息让它们认为战争应该结束了，可以离开了。
但是它们一直都无法出去……
因为，它们不知道避难所外发生了什么。
实际上，外面的事情非常的简单。
脑灵的攻击，并没有因为阿特兰躲进地下而停止，实际上它们在一直持续地进攻着。
疯狂的轰炸，是它们的进攻方式，它们没有特定攻击哪里，而是不停地……毁灭一切。
最后，它们受到了这世界本身的反击。
那是一场什么样的战斗呢？
总之，最后谁也没胜利。
脑灵离开了这个世界，放弃了继续攻击阿特兰……
而这个世界，也突然对‘光’产生了恐惧感。
零散的，细小的光芒没有关系，但对强烈的光芒却非常反感……包括恒星散发出来的光芒。
它感到非常的不适，于是，它便离开了原本的地方，到达了遥远的虚空之中。
因为没有恒星，它的躯体被冰雪所覆盖，包括海洋和大陆，全都彻底地冻结了。
然后，它便一直都在这个地方，成为了一个流浪的世界。
而在地下的阿特兰，好像毫不知情的样子……(未完待续。)